El desplazamiento del juez de la causa Hotesur, Claudio Bonadio, generó controversia desde las dos partes de la historia. En la defensa de Hotesur se remiten al fallo para aclarar que no hubo una irregularidad para el apartamiento de Bonadio, sino numerosas razones por las que la Cámara decidió quitarle la causa, y desde la oposición definen esta medida como parte del "avance del kirchnerismo sobre la justicia". La realidad es que la votación por su apartamiento de la causa fue de dos votos a favor de Eduardo Freiler y Jorge L. Ballestero y uno en contra de Eduardo Farah.
Los dos camaristas que votaron a favor del desplazamiento presentaron varias evidencias para sustentar su postura, según consigna Raúl Kollmann en Página 12:
- El juez se negó a entregar fotocopias del expediente a las defensas, un derecho elemental. Es la forma en que las defensas se mantienen al tanto de lo que hacen el juez y los fiscales, las medidas que se tomaron y sus resultados.
- El juez no permitió que las defensas estuvieran presentes en tres testimonios.
- Bonadio decidió convocar a un perito contable de la Corte Suprema de la Nación. Pero ni explicó cuál era su trabajo ni permitió que las defensas designaran un perito contable de parte. El 30 de junio, Bonadio convocó finalmente a hacer una pericia oficial pero designó como perito oficial al perito que trabajó antes con él. Es decir que ese profesional confeccionó las preguntas e iba a estar a cargo, iba a ser el árbitro de las respuestas. Las defensas dicen que es una grosera muestra de parcialidad.
- Hace dos meses, la Cámara Federal de Comodoro Rivadavia, que tiene jurisdicción sobre Santa Cruz, le reclamó la causa señalando que no tenía competencia ya que la empresa y todos los hechos ocurrieron en el Sur. El juez no contestó durante dos meses. Los camaristas señalan que igual siguió tomando medidas y concretando actuaciones. Debe pensarse que si se declaraba su incompetencia, porque la causa debe instruirse en Comodoro, las medidas serían de muy dudosa validez.
- El camarista Freiler sumó la cuestión de los procedimientos de la Metropolitana en Santa Cruz. Según Freiler fue irregular usar esa fuerza fuera de su jurisdicción.
El camarista que votó en contra del desplazamiento argumentó:
- No hay motivos para anular la pericia contable, dado que tenía el derecho de proponer peritos.
- No está planteada la cuestión del desplazamiento del juez. Opinó: "No advierto en las alegaciones de las defensas razones que conduzcan a anular la disposición cuestionada, ni encuentro por mi parte otras razones".